Microcontroller (MCUs) enthalten Programmspeicher, der in EPROM, EEPROM oder FLASH Technologie ausgeführt ist. Manche Controller erfordern eine direkte Programmierung des Speichers über eine parallele oder serielle Programmierschnittstelle, andere laden ihn mittels eines Bootstrap-Programms. GALEP unterstützt beide Methoden. Neuere Controller beinhalten eine JTAG-Schnittstelle, die nicht nur zur Übertragung, sondern auch zum On-Chip-Debuggen des Programms benutzt werden kann. Da die JTAG-Schnittstelle standardisiert ist, lassen sich damit auch Bauteile programmieren, die nicht in der Bauteilliste aufgeführt sind (Näheres unter JTAG).
Einige Controllerfamilien: